В 1840 году  появился на  правом берегу Тобола аул богатого человека – Байкана.  В начале ХХ века, когда в Притоболье появятся новые поселки переселенцев,  казахи из аула Байкана переправятся на левый берег Тобола (район садоводческого общества «Ягодка») и обустроят  новый аул с таким же названием.  При советской власти аул назовут «Кызылжар» (Красная скала). По воспоминаниям коренного жителя аула Суюндука Бисекеева, праправнука Байкана,  самым красивым зданием  в ауле  была мечеть. Мечеть была построена  в начале ХХ века на средства потомков Байкана, инициаторами строительства были  Аманбай, Амантай, Дуйсенбай. В 1933 году во время коллективизации мечеть была разрушена. В 1932 году в Кызылжаре было организовано «Товарищество по совместной обработке  земли»,  первым председателем ТОЗа стал Жумадил Шамбулаев.
В Кызылжаре жила семья будущего героя Советского Союза Сейтхана Темирбаева.