Лисаковский музей истории и культуры Верхнего Притоболья был основан в 1991 году.  Первоначально он действовал как самостоятельный отдел Кустанайского областного историко-краеведческого музея, финансируемый из городского бюджета.  

Основу  коллекций Лисаковского  музея составили фонды, переданные из историко-производственного музея градообразующего предприятия – Лисаковского горно-обогатительного комбината. Материалы были собраны С. М. Ляпустиной – основоположницей музейного дела в Лисаковске.

С 1992 года началась передача археологической коллекции эпохи бронзы с поселения и некрополя  Лисаковский (автор раскопок – Э. Р. Усманова, Сарыаркинский археологический институт при  Карагандинском государственном университете имени академика Е.А. Букетова). Уникальность этой коллекции состоит в объемном представлении предметного мира культур андроновской культурно-исторической общности  XVIII-XIII в.в. до н.э. Естественным продолжением археологической коллекции стала этнографическая коллекция, отражающая все богатство культур полиэтничного населения Северного Казахстана. Ее состав отражает культуру казахского, русского, украинского, немецкого, татарского и других этносов, населяющих Лисаковский регион.

С 1999 года  Лисаковский музей истории и культуры Верхнего Притоболья  функционирует как  самостоятельное учреждение культуры. В 2000 году музей переведен из здания, принадлежавшего ТОО «Оркен» в детский сад «Улыбка», в котором были пустующие помещения.

В августе 2001 года была открыта новая экспозиция музея, которая состояла из следующих залов  –  «Древняя история Степи», «Мир культуры народов степной Евразии»,  «Степная кладовая», «История города Лисаковска».

Культурологическая концепция музея была определена как  «Человек  в  истории  Степи». Главным объектом внимания экспозиций музея является человек: его рождение и смерть, смена жизненных циклов, производственная деятельность, религиозные представления, быт – все, что нашло отражение в материальной культуре с древнейших времен  до современности.

В 2013 году руководством города Лисаковска и Управления культуры акимата Костанайской области  было принято совместное решение о перемещении музея в здание Городского центра культуры и спорта по адресу ул.Мира 32. В июле 2013 года музейные фонды и имущество музея было перевезено в новое помещение площадью 427,1 кв.м.

28  января 2015 года горожане увидели обновленную после переезда в новое помещение  экспозицию Лисаковского музея истории и культуры Верхнего Притоболья.

Авторами концепции музейной экспозиции являются: Э. Усманова (Сарыаркинский археологический институт при  Карагандинском государственном университете имени академика Е.А. Букетова)), Н. Жиляева, Ю. Буданова.

Архитектурно-художественный проект разрабатывали: Т. Досманов, Н. Иванина, Д. Ізбасаров, Ғ. Кенжібеков, А. Омаров (г.Караганда). Построение  музейной экспозиции осуществлено ОО «Творческий союз «Союз художников Караганды» (Руководитель – А. Қалмаханов). Экспозиция создавалась при участии консультантов-специалистов: К. Алтынбекова, Г. Файзуллиной (Алматы), А. Кушкумбаева (Астана), А. Сеитова, И. Шевниной (Костанай), С. Боталова, Н. Ивановой, В. Мосина, А. Таирова (Челябинск), С. Кузьминых (Москва), А. Нечвалоды (Уфа), Т. Крупа (Харьков). Автор мультимедийной презентации для информационного киоска – Д. Ешкина (г.Лисаковск).

Выгодное географическое положение региона, на границе Европы и Азии, на стыке двух культурно-исторических укладов, кочевого и оседло-земледельческого, делает его привлекательным в плане развития культурного туризма и проведения активной региональной образовательной политики. Культурное наследие  народов, этническое своеобразие было сформировано и формируется на берегах реки Тобол с эпохи бронзы  и до современности. Река  Тобол  как поток времени.  Народы, которые жили и живут на берегах этой реки, встречаются  в потоке истории. Река Тобол – это встреча и транзит культур на протяжении тысячелетий. Слоган новой концепции музея: Тобол река – образ культуры времени в потоке истории.

Экспозиция состоит  из следующих залов: «Древняя история Степи», «Сакральная комната», «Лисаковск. Экономика и общественная жизнь», «Традиционная культура народов Казахстана», выставочный зал. Согласно топографическим описям и развернутым тематическим планам общее количество экспонируемых предметов составляет – 1874.