Лисаков Жоғарғы Тобыл тарихы мен мәдениеті мұражайы 1991 жылы құрылған. Бастапқыда ол қалалық бюджетінен қаржыландырып, Қостанай облыстық тарихи – өлкетану мұражайының дербес бөлімі болып жұмыс істеген.

Лисаков мұражайы жинақтамаларының негізін қала құрушы кәсіпорыны – Лисаков тау – кен байыту комбинатының тарихи – өндірістік мұражайынан тапсырылған қорлары құрайды. Материалдарды Лисаков қаласындағы мұражайлық ісінің негізін қалаушы С.М.Ляпустина жинаған.

1992 жылы Лисаков некрополі мен елді -мекенінде табылған қола дәуірі археологиялық жинақтамасының тапсырылуы басталды(қазбалардың авторы – Э.Р.Усманова, Академик Е.А.Бөкетов атындағы Қарағанды мемлекеттік университетінің жанындағы Сарыарқа археологиялық институты). Осы жинақтаманың бірегейлігі б.з.д. XVIII-XIII андронов тарихи – мәдени қауымдастығы мәдениеті заттық дүниесінің көлемді ұсынылуында. Солтүстік Қазақстанның көп этникалық халықтары мәдениетінің барлық байлығын көрсететін этнографиялық жинақтамасы археологиялық жинақтамасының жалғасы болған. Оның құрамы Лисаков аймағын мекендейтін қазақ, орыс, украин, неміс, татар және басқа этностардың мәдениетін көрсетеді.

1999 жылдан бастап Лисаков Жоғарғы Тобыл тарихы мен мәдениеті мұражайы дербес мәдениет мекемесі болып жұмыс істейді. 2000 жылы мұражай «Өркен» ЖШС тиесілі ғимаратынан «Улыбка» балабақшасындағы бос ғиамратқа көшкен.

2001 жылдың тамыз айында мұражайдың жаңа экспозициясы ашылған. Экспозиция келесі залдардан құрылған – «Көне дала тарихы», «Дала Еуразия халықтарының мәдениет әлемі», «Дала қоймасы», «Лисаков қаласының тарихы».

Мұражайдың мәденитанымдық тұжырымдамасы «Дала тарихындағы адам» деп белгіленген. Адамның дүниеге келуі мен өлімі, өмір циклдерінің ауысуы, өндірістік қызметі, діни ұғымдары, ежелгі дәуірден қазіргі заманға дейін барлық материалдық мәдениеті көрісі болып табылатын тұрмысы мұражай экспозициясының басты объектісі болып табылады.

2013 жылы Лисаков қаласының басшылығы мен Қостанай облысы әкімдігі мәдениет басқармасы бірлесіп мұражайдың Мир көшесі 32 мекен-жайы бойынша орналасқан Қалалық мәдениет және спорт орталығының ғимаратына көшуі жөнінде шешім қабылдаған. 2013 жылғы шілде айында мұражай қорлары мен мұражай мүлігі көлемі 427,1 ш.м. жаңа ғимаратқа көшірілді.

2015 жылдың 28 қаңтарында қала тұрғындары Лисаков Жоғарғы Тобыл тарихы мен мәдениеті мұражайының көшуден кейінгі жаңартылған экспозициясын көрді. Мұражай экспозициясы тұжырымдамасының авторлары: Э.Р.Усманова (Академик Е.А.Бөкетов атындағы Қарағанды мемлекеттік университетінің жанындағы Сарыарқа археологиялық институты), Н.Жиляева, Ю.Буданова. Сәулеттік-көркем жобаны Т.Досманова, Н.Иванина, Д.Ізбасаров, Ғ.Кенжібеков, А.Омаров (Қарағанды қ.) жасаған. Музейлік экспозициясын жасаумен «Қарағанды суретшілер одағы» шығармашылық одағы» ЖШС-і айналысқан(жетекшісі – А.Қалмаханов). Экспозиция К.Алтынбеков,Г.Файзуллина(Алматы),А.Кушкумбаева(Астана),А.Сеитова,И.Шевнина (Қостанай), С.Боталова, Н.Иванова, В.Мосина, А.Таирова (Челябі), С.Кузьминых (Мәскеу),А. Нечвалоды (Уфа), Т.Крупаның (Харьков) кеңесші- мамандарының қатысуымен жасалған. Ақпараттық киоскқа арналған мультимедиялық презентациясының авторы – Д.Ешкина.(Лисаков қ.)

Аймақтың Еуропа мен Азия шекарасында, көшпелі және отырықшылық-егіншілік тұрмыс салттарының түйіскен жерінде тиімді географиялық орналасуы, оны мәдени туризмнің дамуы мен белсенді аймақтық білімділік саясатты өткізу жағынан қызықты етеді. Халықтардың мәдени мұрасы, этникалық өзгешелігі Тобыл өзеннің жағалауында қалыптасқан және қалыптасады. Өзеннің орманды дала мен даланың шекарасында орналасуы қола дәуірінен бастап қазіргі заманға дейінгі қауымдастықтың мультимәдениеттілігінде байқалады. Тобыл өзені өмір ағымындай. Осы өзеннің жағасын мекендеген және мекендейтін халықтар тарих ағымында кездеседі. Тобыл өзені – мыңжылдықтар бойындағы мәдениеттердің кездесуі мен тасылмадануы. Тұжырымдаманың ұраны: Тобыл өзені – тарих ағымындағы заман мәдениетінің бейнесі. Жаңа экспозиция тұжырымдамасының ойы осындай.

Экспозиция келесі залдардан құрылған: «Даланың ежелгі тарихы», «Киелі бөлме», «Лисаков. Экономика және қоғамдық өмір», «Қазақстан халықтарының дәстүрлі мәдениеті», көрме залы. Топографиялық сипаттамаларға және толық тақырыптық жоспарларға сәйкес көрмеге қойылған заттардың жалпы саны – 1874.